O Programa de Pós-graduação em Epidemiologia da Faculdade de Medicina da Universidade Federal de Pelotas (UFPel) foi criado em 1991 (PPGEpi). O PPGEpi foi originado a partir do Centro de Pesquisas Epidemiológicas (CPE), onde são realizados uma série de estudos relevantes. A expertise reconhecida desse grupo fundador, especialmente em pesquisas de cunho populacional, despertou o interesse de diversos profissionais da área da saúde em buscar qualificação acadêmica. Em resposta à evidente demanda e ao desejo de disseminar conhecimento, os docentes conceberam e lançaram o Programa de Pós-graduação em Epidemiologia a fim de capacitar profissionais.

O Mestrado em Epidemiologia teve início no mesmo ano de sua criação, em 1991. Em sua primeira avaliação, conduzida em 1995 pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES/MEC), o curso obteve a nota máxima, conceito A. Dois anos depois, em 1997, o Programa recebeu a recomendação da Capes para estabelecer o Curso de Doutorado em Epidemiologia, proposta prontamente aceita. A primeira turma de Doutorado iniciou suas atividades em 1998, contribuindo para a ampliação do corpo docente com a adição de mais professores doutores ao Programa.